本劇改編自同名小說，以朝鮮王朝第11代國王中宗時期的一位名叫長今的醫女為主線，鋪陳展開劇情。 徐長今（以下簡稱長今）是原宮廷內御膳廚房（水剌間）的內人朴明伊和原宮廷軍官徐天壽之女，童年因種種複雜過往接連失去雙親，被待令熟手姜德久夫婦收養，並藉由給後來成為君主的中宗送酒而進入宮廷，成為御膳房的小宮女。早期訓練結束後，長今被安排給尚宮韓愛鍾進行教育和培養，因為吃苦耐勞、聰穎好學及韓尚宮的悉心教導，長今在御膳房練就出不凡的烹飪技能。但天有不測風雲，因競爭御膳房的領導權等種種原因，長今師徒與尚宮崔成琴及其家族一直齟齬不斷，並被其藉機羅織罪名流放他鄉，韓尚宮亦因此喪命。在流放地，長今遇到了醫女張德等人，逐漸開始研修醫學，並在接受培訓後回到宮廷，成為內醫院的醫女。在宮中行醫的同時，長今也與勢力巨大的崔氏集團展開了激烈鬥爭，最終將其擊垮，並得以將母親和韓尚宮蒙冤而死之事大白於天下。此外因醫術精湛，徐長今也受到中宗和王后的賞識，以女性之身被任命為皇帝的主治醫官，賜名「大長今」，也和文武雙全的朝廷官員閔政浩組成了幸福的家庭。 全劇橫跨朝鮮第9代國王成宗至13代國王明宗時代，以長今的故事為主軸，結合了當時所發生的歷史事件，但政治方面著墨不多以賜死廢妃尹氏及燕山君發起甲子士禍作為故事開端，童年長今在不知情的情況下參與中宗反正的聯絡工作。後期不難看出儒臣們勢力大到能使國王屈服，亦能興起黨爭。中宗的文定王后非常著急其子（即明宗）的病情，可顯示文定王后所面對的宮廷鬥爭非常厲害。 值得一提的，為了在劇中推廣朝鮮宮廷御膳文化，歷代朝鮮宮廷尚膳也經劇組改編後，亦巧妙地一同出現在劇中；如蕩平菜、神仙爐、炆軟春雞、駝酪粥等。