故事的背景舞台設定是2030年代的虛構日本城市新濱市，經過第三次和第四次世界大戰洗禮的近未來科技已可將人類除大腦外的所有身體器官用生化電子的義體代替，並將人類大腦改裝成與具有網際網路功能的電子腦。上層社會和有經濟條件的中產階級人類紛紛進行義體手術，加裝先進的電子腦，並用性能更高的人造假肢替換原有的身體器官——賽博格（生化人）已然漸漸成為社會常態。 人類社會的全面義體化（電子化）雖然帶來了巨大的便利，卻也不可避免地催生出了一種新的犯罪方式——電子犯罪。電子化並網際網路化的人類開始受到黑客攻擊，暴露在大腦被入侵、記憶被篡改等危險之中。日本政府因此專門成立了首相直屬的特別情報機構「公安九課」（也就是所謂的「攻殼機動隊」），來應對這種新興的犯罪。故事中女主角草薙素子自幼便全身義體化，裝備有最先進的軍用義體，並在電子設備中如魚得水，是一名出色的駭客。2029年正式成為公安九課課長，並以她卓越的指揮能力獲得了隊員們的信賴，被親切地稱為「少佐」。